到了明代，宝庆寺的特权随元帝国的瓦解而不复存在，但法轮寺此时已成为崆峒佛教的主导之寺。明洪武帝朱元璋，封其二十二子朱？为安王，就藩平凉崆峒区。到明成祖永乐十五年(1417年)，安王死，无子国除。到永乐二十二年(1424年)，改封辽东的韩王迁居平凉崆峒区，韩王共传十一世，在平凉崆峒区历时212年，与大明朝共终。

　　明成竹篱为朱元璋第四子，封燕王，就藩北平，朱元璋在位时太子已死，他便传位给皇长孙朱允炆，史称建文帝。洪武、建文两帝都崇佛。成祖朱棣在夺取其侄建文帝位的时候，说是曾得到北方真武大帝神助，他即帝位后，下令全国各大名山都要自在显著地方祀真武大帝。崆峒山大顶之大雄宝殿奉命改祀真武。旧山志载：“初，明成祖崇祀真武，寺宇因改建真武，照依武当山，以三月三日为朝山之期，而远近乡氓相沿旧俗，犹以四月八日为释迦佛会，供奉香烛净水，至今不改云。”到了嘉靖初，山西、延安等地游僧混杂山寺，倒卖山寺资产，并非法致死人命。被韩王从弟西德王知道，便借机将寺产收归己有。法轮寺、真乘寺僧众不服，住持僧圆明、圆洪、碧天、真乘等出面，将寺山土地献给韩王，“西德王不敢争”。嘉靖三十年(1551年)，襄陵王因事人朝，将崆峒山佛教寺产一事上奏朝廷皇帝降旨，将寺地全部交平凉县收管，“招民佃之，输租三百石，即崆峒里也”。至此历时800多年，由唐太宗李世民划给崆峒山佛教的供养田，不再为山寺所有，原山中日供近千人食用的场景不再重现。但佛教并未就此消沉，就藩平凉的韩王，格外崇仰佛道两教，王府成员皆敬事僧众，并赐钱复修崆峒山寺庙。城区寺庙颓者补修，风脉处建寺。尤其一提的是原延恩寺旧址荒废多年，经韩王向明英宗奏请，英宗御赐“延恩祝圣寺”匾额，并拨专款重新寺宇，重建宝塔，俗称宝塔寺。延恩寺为韩王府专用道场，其时各郡王府也争相出资建寺，一时城区相继建起报恩寺、慈恩寺、崇福寺、南庄寺、上圣寺、(上寺台)、韩二府寺、韩六府寺、褒四府寺等一批新寺院。道教庙宇，也从崆峒山到平凉城区，随处可见。其时佛道二教相倚而存，有佛寺必有道院，如宝塔寺东侧，就是道教的东岳庙，至今此格局在崆峒山依旧未变。由于王府和官宦对佛教的崇仰和护持，崆峒区境佛事活动深入人心。真如俗语说的：“户户弥陀佛，家家观世音。”进士王源翰有竹枝词写道:“东关浮屠起七层，禅房罗列夜传灯，韩藩好佛人多化，处处经声处处僧。”

　　清代，区境佛寺道场基本延续明代规模。但由于缺乏如韩王那样的大护法人物，佛事活动相应减少，专注清修成为这一时期崆峒佛教的特点。

　　清代后期，区境成为多事之地。同治年间社会动乱，杀戮抢掠祸及丛林，区境佛寺道观几乎被焚掠殆尽，崆峒山亦未能幸免。战乱之后，山中只剩两位僧人，一住西台，一住北台。崆峒佛教活动，至此衰落不振。所以当虚云法师清末慕名来访崆峒时，见山景幽胜，群峰拢翠，寺宇残破，佛事冷落，几乎无人能传心要，遂吟诗以追怀对仁智禅师的尊仰之情。诗曰:“凿破云根一经通，禅西远在碧霞中。岩穿雪窍去爱你峰冷月到禅心五蕴空。”

　　进入民国，崆峒佛教虽仍是陇东最大的佛教丛林，但僧材不足，其影响力远非盛时可比。到民国21年(1932年)本地清未举人，民国时曾任过甘肃民政厅长、四川烟酒督办的郑浚卸任回乡。他概叹崆峒佛教宗风不振，认识到佛法衰落的原因有三：一是僧材不足；二是佛法与世法日渐相离；三是佛法教育未能普及。他决心为振兴崆峒佛教而奉献一切。此后，郑浚并联络同仁，发出倡议，集资筹款，针对佛法衰落三原因而做三事。一是将崆峒佛事活动中心从崆峒山移到人口集中的平凉城，便于佛法能直接面对民众，使佛法与世法两不相离；二是从南方佛教活跃区请高僧来平弘法；三是与佛经流通中心直接联系，输入法本经书，普及大众。由于郑浚等人的倡导策划，很快便在平凉市东大街建起一处佛教寺院，称佛籁精舍。殿阁庄严。佛像焕彩、佛殿、藏经楼、讲堂、僧房、居士林、厨库、水房等一应俱全。藏僧青莲应邀主持寺院，郑浚的弟子朱虚斋居士负责杂务。其后又陆续从普陀山和陕西等地请来普明、普静、普智、普德等高僧。本地皈依居士数千人，陆续入住寺院的僧人逾百数，常驻寺中僧众四十余人。崆峒佛教之复兴，初具规模。为使佛法普及民众，郑浚等人筹款专程到上海拜访全国著名高僧印光大师，并祈祷印光大师为崆峒佛籁精舍的指导上师，请他在方便时，将普及佛法的经本、论述法语简本寄赠流通。印光大师概然允诺。此后，曾多次经过邮传托运，寄赠许多佛教书籍读本。平凉民众，蒙惠良多。一时高僧云集，有贯三藏的住持僧普明，有拔贡出身能书善画的高僧戒成，有精通武术、能飞檐走壁的僧人老修行，有密宗高僧青莲和尚等。外地名僧也相应来平凉传法，有塔尔寺大活佛应邀来讲经说法，还有名僧心道法师和心一法师来精舍传法收徒，影响十分巨大。随着精舍活动的开展，并筹组成立了，平凉佛教会，郑浚为总理会首，朱虚斋为常务理事，住持僧青莲和尚等兼任理事。一时间佛教中心从崆峒山移驻平凉城佛籁精舍，精舍成为丛林而代十方常住。郑浚后来还在崆峒山天台修了千手观音殿，塑像庄严精美，为全山之冠。

　　崆峒佛教自古以来，僧材辈出，代不乏人。虽因时代更迭，加之佛门不重名籍，许多珍贵史料湮灭无闻。但从散见于零星典籍或残碑的记述中，亦可见其星光了。我们前已述及，崆峒山自古至今，佛道共据一山，各自弘扬自己的法教。正史中记秦皇、汉武多次登临崆峒山，除政治军事之外，亦有求教法化的内容。后来的唐宋元明清各朝，皇家多有颁诏赐赠崆峒佛寺田产金银、法宝经藏，甚或赐紫衣赐法号，这在整个西北佛教历史上都应当是大书特书的。由于帝王家的特殊关爱，隶属著名人物都以能一登崆峒为幸事。从西汉司马迁到李白、杜甫、骆宾王、游师雄、范仲淹、王钧、林廷玉、李攀龙、李应奇、罗潮、顾光旭、毕沅、张澍、邓廷祯、左宗棠、吴大澄、康有为、谭嗣同等等直到民国于右任、安维峻等政要名人，笔难尽记。他们中的许多人都是佛学造诣极高的学者，入毕沅、左宗棠、康有为、谭嗣同、于右任等。相应地，住山修行的僧人中，高僧所示现的人天之师的大师级龙象，是庄严道场、引领人望的主要原因。如唐代高僧仁智禅师，宋代被仁宗皇帝赐紫并封赠“志护大师”荣号的住持僧法淳，元代被帝廷赐给三品银印的高僧槊里吉察思揭兀、商从行，明代有圆明、真乘等法师，清代有易庵老人、补岩和尚、亮旭和尚、彻空和尚等，民国时期有青莲法师、普明、普智、普德等高僧。由于崆峒佛法由来皆盛，全国各地僧众往来挂单参学交流，从未间断。许多享誉国内外的高僧大德也与崆峒多有来往。如近代高僧虚云法师，清末等崆峒并留有诗作；心道法师还曾在平凉进行佛法讲座，并传戒授徒。同期，塔尔寺、拉卜楞寺高僧活佛亦曾来平凉崆峒传法。在著名传法大师中，印光法师虽然未能亲到平凉，但他受郑浚等人礼请，成为平凉崆峒佛教的指导上师，并多次寄赠经藏佛书，与崆峒佛教四众弟子结下深厚法缘。

　　1949年新中国成立后，佛教作为社会构成的一支，随政策之走向而起伏。50年代，中央宗教政策十分务实，佛教徒欢欣鼓舞，学法与学政策并重，并坚持农禅思想，“一日不作，一日不食”，自力更生，爱国爱教思想深入人心。崆峒佛寺，每月都有为国祈福法会，佛事活动蒸蒸日上。后来随着宗教政策的“左”倾和逐渐极左化，崆峒佛教在几经风雨后被迫停止。从1958年砸毁金钟明锅，大小铜铁佛像被毁。到1964年残剩寺宇被拆毁拍卖，珍贵佛教文物荡然无存。“文革”十年浩劫更将这种破坏发挥到极致，山中所有佛寺残余被彻底毁坏，古树名木遭砍伐，佛教尽只留下舍利宝塔卓尔不群地危立山殿。所幸十年“文革”结束后，党中央拨乱反正，认真落实宗教政策，崆峒佛教从艰难中很快恢复起来。先有青莲法师入室弟子临济宗昌正号心悟法师、曹洞宗传入常慧法师等先后归山。1984年，改革开放后崆峒第一届佛教协会成立，常慧和尚、心悟法师先后任会长。其后，由妙林法师任崆峒佛协会长，接手主持崆峒佛协教务。一个新的发展前景从此开始。

　　改革开放给中国社会带来了无尽活力，也给宗教活动带来了无尽生机。有各级党政宗教部门的关怀，有宗教政策的明确指导，有佛教四众弟子的无私奉献，又有住持僧的高瞻远瞩，崆峒佛教事业重兴，十方丛林法轮禅寺很快在一片瓦砾堆上重现了盛唐的庄严辉煌。崆峒佛法中兴弘传，化导人心，净化社会普施法雨，为创造和谐社会奉献自己的力量。

　　法轮禅寺的重新建成，也带动了崆峒山各属寺的建设。山中五台各寺也以全新的格局对外开放。在城区、法轮禅寺下院圆通寺改扩重建，成为城区一处壮美殊胜的佛教圣地。经韵梵唱，四众皈心。与此同时，城区和境内，经政府宗教部门批文恢复的寺院还有佛光寺、观音殿、庄严寺等。

　　法轮禅寺联系指导的周边各寺院，也都在当地的政府宗教部门和政策指导下，由四众发心，重新了佛教道场。佛法在这一广大区域内，滋润着众生心田。

　　释迦文佛悲悯众生，四十九年说法施教，以阐明人生宇宙之根本奥秘，揭示众生轮转六道之根本症结，直指人心，见性成佛，大彻大悟，大慈大悲，救苦救难。此间无一丝迷信，无半点虚伪。所以说佛教是正信、智信、科学、积极向上的济世之学，与儒家的孝悌忠信、礼义廉耻互为表里，互不相违。所以佛教一入中国，便与中国固有的文化水乳交融，渗入华夏民族的心灵深处，成为民族文化不可或缺的优秀传统。许多佛教节俗，已成民族风俗节庆的一部分，与今天改革开放后的旅游经济生活融为一体，为地方经济发展提供了丰富的人文涵养。在建设和谐社会、和谐平凉、和谐崆峒的今天，弘扬爱国爱教，提倡破迷开悟积极向上的佛教文化，正是崆峒佛教的精神所在。